Los comentarios condicionales se eliminan en la última versión

vale, ahora lo entiendo... Estabas hablando de comentarios en el lienzo... Bueno, para ser sincero, no creo que debas preocuparte por lo que ves en el lienzo (la parte importante está en 'toHTML' del componente de comentarios). En cualquier caso, siempre puedes intentar ajustar la 'vista' para obtener lo que necesitas

A mí me funciona con la última versión https://jsfiddle.net/06L5ng19 La próxima vez, crea una demo reproducible antes de abrir un problema de BUG, gracias...

Hola @artf, gracias por vuestro tiempo. El problema ocurre al añadir comentarios a bloques html. He actualizado tu código y añadido algunos bloques de prueba con comentarios dentro: https://jsfiddle.net/orn4jqw7/1/