¿Cómo proteger el código y todo eso?

Actualmente uso PHP para subirlo a mi base de datos MySQL. He oído que lo mejor es guardarlo todo como TEXTO o MEDIUMTEXT. Pero la pregunta es, ¿cómo debería protegerlo todo y asegurarme de que nadie sube código malicioso?

También estoy usando el plugin de código personalizado para que el usuario pueda añadir código javascript personalizado, pero ¿cómo puedo asegurarme de que todo esté seguro cuando lo subo a la base de datos y luego lo muestro en una página real (no en el editor)?

¡Muchísimas gracias!