Los elementos ocultos a través del gestor de capas ya no pueden recuperarse tras guardar el contenido.

Pasos para reproducirse en http://grapesjs.com/demo.html :

1. Haz clic en el Administrador de Capas.
2. Ocultar cualquier capa, por ejemplo: el encabezado.
3. Guardar el contenido: esto ocurre automáticamente en la demo, que utiliza almacenamiento local del navegador, guardando automáticamente cada paso.
4. Recarga la página.

Resultado: La capa oculta no es visible en el lienzo, pero sigue presente en el Gestor de Capas (que es lo que esperamos), sin embargo, al hacer clic en el botón "ojo" ya no puede hacerse visible.