El reordenamiento entre niveles de los bloques en el Administrador de Capas provoca errores en el Clasificador y rompe los intentos de movimiento posteriores

No creo que sea el mismo problema. En la que enlazaste, los elementos desaparecen, mientras que en mi caso el Gestor de Capas acaba en un estado en el que ya no puedes mover una capa. Podrían estar relacionados a un nivel superior como "problemas relacionados con el clasificador", pero por lo que v...

Este es un problema conocido en GrapesJS relacionado con cómo las instancias internas del Clasificador (usadas para arrastrar y soltar tanto en el Gestor de Capas como en el Canvas) mantienen su estado tras operaciones complejas de reordenación de componentes entre niveles. Los errores que ves, Can...